审计处是负责全校内部审计工作的职能部门。最早成立于1986年，是较早成立内审机构的高校之一。自成立以来，审计范围不断扩大，从最初的财务收支审计、工程结算审计拓展到现在的财务收支审计、工程结算审计、建设工程全过程跟踪审计、经济责任审计、企业审计、科研经费审计、优势学科经费审计、合同审核、后续审计、招投标管理等审计工作，审计质量和水平不断提升，审计信息化工作不断加强。已拥有一支相对稳定、水平较高的内审工作队伍。现有审计人员10人，其中，具有高级职称4人，注册会计师2人，国际注册内部审计师1人，均有大学本科以上学历。多次荣获原机械工业部、江苏省、省教育厅和镇江市“内部审计先进集体”等荣誉称号。

目前，审计处正紧扣学校第三次党代会确立的“创建高水平、有特色、国际化研究型大学”战略目标，牢固树立“围绕中心，服务大局，助推研究型大学建设”的审计理念。坚持“全面审计，突出重点”工作方针，服务学校“国字头”工程建设项目，进一步提升审计质量、改进审计手段，加强审计整改和审计成果利用工作，将在健全学校治理、提高资源利用、严格预算管理、规范经费使用、强化经济责任、加强风险管控、提高经济效益、维护财经法纪和促进廉政建设等方面发挥积极作用，推动学校事业的转型发展。