审计处是负责全校内部审计工作的职能部门。最早成立于1986年，是较早成立内审机构的高校之一。自成立以来，审计范围不断扩大，从最初的财务收支审计、工程结算审计拓展到现在的财务收支审计、工程结算审计、建设工程全过程跟踪审计、经济责任审计、企业审计、科研经费审计、优势学科经费审计、合同审核、后续审计、招投标管理等审计工作，审计质量和水平不断提升，审计信息化工作不断加强。已拥有一支相对稳定、水平较高的内审工作队伍。现有审计人员11人，其中，具有高级职称5人，注册会计师2人，国际注册内部审计师1人，均有大学本科以上学历。多次荣获原机械工业部、江苏省、省教育厅和镇江市“内部审计先进集体”等荣誉称号。

目前，审计处主动适应新形势要求，深入贯彻党的二十大精神，紧紧围绕学校中心任务，坚持“依法审计，规范操作，全面审计，突出重点”的工作方针，切实履行审计监督与服务职责。通过创新审计思路，改进审计手段，拓展审计范围，努力提升审计队伍专业胜任能力，提高审计工作质量，推动审计整改以及审计结果的运用，在健全内部控制、严格预算管理、规范经费使用和推进党风廉政建设等方面发挥审计监督作用，服务学校“双一流”和高水平大学建设。